創建年代には諸説あるのですが、社伝では203年(！)、三韓征伐から凱旋した神功皇后が、
山城国・深草の里の藤森に「いくさ旗」を立てて、兵具を納め、塚を作り、
祭祀を行ったのが発祥とのこと。
支社印に記されている「菖蒲の節句・発祥地」の他にも、
５月５日に行われる駆馬神事や、６月から７月にかけて咲く3,500株もの紫陽花でも知られています。
「菖蒲→勝負」の連想や駆馬の他、武神が多く祀られていること、
さらに明治時代から第二次世界大戦終了まで周辺が軍用地であったことから、
馬と武運の神社として信仰を集めた藤森神社は、
現在は馬と勝負事の神社として知られており、競馬関係者・ファンの信仰を集める他、
舎人親王を祀ることから学問、特に受験での勝運をもたらす神社とされています。
